8. Para comprender el verdadero sentido de esas palabras, es menester referirse a la significación de la palabra agua, que no se emplea en su acepción propia. Los conocimientos que los antiguos tenían sobre las ciencias físicas eran muy imperfectos; creían que la tierra había salido de las aguas, y por esto consideraban el agua como elemento generador absoluto; así es que en el Génesis se dice: "El espíritu de Dios era llevado sobre las aguas; flotaba sobre las aguas; - Que el firmamento fué hecho en medio de las aguas; - Que las aguas que están bajo del cielo se junten en un solo punto y que el elemento árido aparezca; -Que las aguas produzcan los animales vivientes que nadan en el agua, y los pájaros que vuelan sobre la tierra y bajo el firmamento".
Según esta creencia, el agua venía a ser el símbolo de la naturaleza material, como el espíritu era el de la naturaleza inteligente. Las palabras: "Si el hombre no renace del agua y del espíritu, o en agua y en espíritu", significan, pues "Si el hombre no vuelve a nacer con su cuerpo y su alma". En este sentido fueron comprendidas al principio.
Esta interpretación está, además, justificada con estas palabras: "Lo que es nacido de carne, carne es; y lo que es nacido de espíritu, espíritu es". Jesús hace aquí una distinción positiva entre el espíritu y el cuerpo. "Lo que es nacido de carne, carne es", indica claramente que el cuerpo sólo procede del cuerpo, y que el espíritu es independiente del cuerpo.